Programme M2

Le M2 complète, sous une forme avancée, les enseignements dispensés en informatique en M1. Deux UE consacrées à la Bioinformatique, de volumes horaires importants, abordent de façon complémentaire les aspects théoriques et les aspects pratiques. Conscients de l’enjeu que représente de surcroît la maîtrise de techniques statistiques, pour un recrutement en BioInformatique, l’UE consacrée à la fouille de données complète les enseignements de statistiques de première année. Ces UE sont abordées avec l’objectif d’applications en BioInformatique et sont délivrées par des enseignants-chercheurs en BioInformatique. De même, les UE consacrées à l’apprentissage d’un langage orienté objet et à celui des langages de scripts comportent des applications, TP ou projets, ciblés sur des données du monde vivant.

La totalité du M2 Bioinformatique, est jalonnée de TP et de projets destinés à rendre concrètes les problématiques abordées, et surtout à acquérir – dès avant le stage – une expérience significative en élaboration de stratégie pour traiter un problème de bioinformatique et en programmation d’applications bioinformatiques.

Un stage de 5 mois et demi termine le M2. Ce stage dure de mi-mars à fin août.

Pour les alternants, le stage est remplacée par 2 « Périodes de formations alternées en milieu professionnel » au premier et second semestre.

Pour cette formation de petit effectif, le contrôle continu est la règle. Les deuxièmes sessions relatives aux semestres S3 et S4 se déroulent la semaine précédant le départ en stage. Pour être autorisé à suivre un stage, un étudiant doit avoir une note théorique d’au moins 8 (sur 20) aux épreuves théoriques des semestres S3 et S4.

M2 Bioinformatique pour les Biologistes

PREMIER SEMESTRE (250 h)
Intitulé	ECTS	CM	TD	TP	Distanciel	Total
Advanced algorithmics and programming for biologists	5	32	8		4½	44½
Programmation orientée objet pour les biologistes	6	16	12	16	5	49
Models, methods and algorithms for bioinformatics	5	22	8	10	4½	44½
Langages de script pour la bioinformatique	3	4	10	4	2	20
Avancées scientifiques en bioinformatique	2	14⅔			2⅓	17
Bioinformatique appliquée 1 : NGS, épigénétique	5	18	6	12	4	40
Bioinformatique appliquée 2 : projet	4			32	3	35

DEUXIEME SEMESTRE (100 h)
Intitulé	ECTS	CM	TD	TP	Distanciel	Total
Gestion et stockage des mégadonnées	5	16	16	8	4	44
Data science for bioinformatics	4	13⅓		12	2⅔	28
Stage	18
Option Semestre 4 (3 ECTS)
Systems biology	3	9⅓		16	2⅔	28
Structural bioinformatics level 3	3	9⅓		16	2⅔	28

M2 Ingénierie Bioinformatique

PREMIER SEMESTRE (198h)
Intitulé	ECTS	CM	TD	TP	Distanciel	Total
Advanced algorithmics and programming for biologists	5	32	8		4½	44½
Programmation orientée objet pour les biologistes	6	16	12	16	5	49
Models, methods and algorithms for bioinformatics	5	22	8	10	4½	44½
Langages de script pour la bioinformatique	3	4	10	4	2	20
Bioinformatique appliquée 1 : NGS, épigénétique	5	18	6	12	4	40
Périodes de formation alternées en milieu professionnel	6

DEUXIEME SEMESTRE (72h)
Intitulé	ECTS	CM	TD	TP	Distanciel	Total
Gestion et stockage des mégadonnées	5	16	16	8	4	44
Data science for bioinformatics	4	13⅓		12	2⅔	28
Périodes de formation alternées en milieu professionnel	21